6) مطالب مطرح شده در توقیعات، موضوعاتی که در توقیعات حضرت ولی عصر (عج) آمده است، شامل بسیاری از معارف و حقایق دینی، و امور تربیتی و برنامه های زندگی فردی و اجتماعی می باشد، که فهرست اجمالی آنها بدین قرار است:
الف) مباحث عقیدتی، در زمینه های مختلف توحید، نبوت، امامت، معاد و غیره؛
ب) امور اجتماعی، شامل مسائل اخلاقی، تربیتی، و شئون اقتصادی و مشکلات مالی؛
ج) وظایف و تکالیف شیعیان در عصر غیبت، بیان چگونگی توجه به خداوند، ایجاد زمینه های خودسازی، نحوه ارتباط با ایشان و پیروی از آن حضرت و آمادگی برای برپائی حکومت عدل گستر او؛
د) بیان قسمتی از احکام و مسائل فقهی، در مورد نماز، روزه، حج، نذر، خمس، نکاح و غیره؛
ه ـ ) مطالبی در امور شخصی کسانی که از آن حضرت درخواست می کردند از قبیل نامگذاری فرزند، آزادی برده و کنیز، انتخاب دوست، اجازه سفر و غیره؛
و) نصب و تأیید وکلا و نواب و دیگر امور مربوط به ایشان، افشا کردن تزویر مدعیان دروغین، و طرد و لعن غلات و منحرفین.
7) دفع خطر از شیعیان، در آن عصر که حکام ستمگر، برای شناسایی و شکنجه و آزار و نابودی شیعیان و پیروان اهل بیت عصمت (ع) کمر بسته بودند، و احیانا نقشه های ماهرانه ای طرح می کردند تا بلکه بتوانند تمامی آنها را از بین ببرند، تنها راه خلاصی از دامهای شیطانی بدخواهان، همین توقیعات بود. به دو نمونه در این باره توجه می کنیم: اول یکبار که در مورد وکلا و نمایندگان حضرت (ع) نزد خلیفه غاصب سعایت شده بود، وی برای شناسایی و دستگیری آنان چنین دستور داد افراد ناشناسی را همراه با پول نزد آنها به جاسوسی بفرستید، اگر کسی از آنها چیزی پذیرفت او را دستگیر کنید. در این هنگام از ناحیه مقدسه حضرت مهدی (عج) خطاب به همه وکلا فرمانی صادر شد که از هیچکس چیزی نپذیرند، و از گرفتن خودداری کنند، و خود را بی اطلاع نشان دهند (کافی، 1/525) . دوم: در یک زمان از سوی حضرت ولی عصر (عج) دستوری صادر شد که از زیارت کاظمین و کربلا نهی کرده بودند. پس از چند ماه معلوم شد خلیفه در آن موقع دستور داده بود که هر کس به زیارت رود، در کمینش باشند و او را دستگیر کنند (کافی، 1/525) .
8) بیزاری از منحرفان، در عصر غیبت صغری افرادی به عناوین مختلف و با مقاصد گوناگون به دروغ ادعاهایی می کردند و سعی داشتند دوستان و پیروان ائمه (ع) را به سوی خود جلب کنند، و آنها را فریب دهند و گمراه سازند و با توجه به اینکه این قبیل افراد کم و بیش در بین شیعیان آن زمان ـ و یا دست کم در بعضی از مناطق شیعه نشین ـ شهرت و احترامی داشتند، و غالبا زیر پوشش ادعای نیابت و سفارت حضرت مهدی (عج) دامهای خود را می گسترانیدند، لذا خطر آنها برای شیعیان و مسلمانان، از خطر کفار مشرکین بدتر بود، و افشای تزویر و کشف نقاب از چهره کریه ایشان، و طرد آنها از جوامع دینی، ضرورت داشت. از همین روی توقیعات مهمی درباره این افراد و بیزاری حضرت ولی عصر (عج) از آنها، از سوی آن جناب صدور یافته، و مایه رسوایی و انزوای آنها شده است.
9) توقیعات در کتابها و آثار بزرگان، نخستین کسی که توقیعات را جمع آوری کرده است: محدث گرانقدر ابوالعباس عبدالله بن جعفر حمیری می باشد. و از جمله اصحاب امام رضا و امام جواد و امام هادی و امام عسکری علیهم السلام بوده، عصر غیبت صغری را نیز درک کرده، و توقیعات را به خط امام (عج) دیده است. (رجال، نجاشی، 152 به بعد؛ معجم رجال الحدیث، 10/145) . از عبارت نجاشی بر می آید که توقیعات امام حسن عسکری (ع) را تدوین کرده است، گرچه آقا بزرگ در (الذریعه، 4/401) گفته: «التوقیعات الخارجة من الناحیة المقدسة...» . فرزندان او احمد و جعفر و حسین و محمد نیز همگی با حضرت ولی عصر ارواحنا فداه مکاتبه داشته اند که سه توقیع در پاسخ به سؤالات محمد بن عبدالله حمیری در کتاب احتجاج آمده است. همچنین زیارت معروف «آل یس» و دعای بعد از آن، ضمن توقیعی خطاب به او صادر شده است. همچنین در منابع اولیه حدیث همچون کافی؛ کمال الدین؛ ارشاد؛ غیبت شیخ طوسی؛ احتجاج و غیره و نیز مجموعه های بزرگ حدیث، و کتب معتبره متأخرین مانند: بحار الانوار؛ وسائل الشیعه؛ وافی؛ مستدرک الوسائل و الصحیفة المهدیة در فصلهای خاص و یا به طور پراکنده، توقیعات بسیاری آمده است. در عصر حاضر نیز آثار ارزشمندی در این زمینه انتشار یافته است، از جمله: تاریخ الغیبة الصغری؛ کلمة الامام المهدی، ترجمه فارسی و استدراک، نشر آفاق (تهران، 1407 ق) ؛ توقیعات مقدسه، اثر جعفر وجدانی؛ مجموعه سخنان، توقیعات و ادعیه حضرت بقیة الله، از خادمی شیرازی؛ نواب اربعه، راسخی نجفی.