چون از مکه به بغداد برگشت، چنین می نماید که در طریق ارشاد و حقیقت برخلاف مصلحت ظاهری، قدم گذاشته و کلماتی گفته که تعبیر به ادعای خدائی کرده اند، و از همین جاست که حسین بن منصور در نظر پاره ای از مشایخ تصوف مقبول و در نظر بعضی دیگر مطرود است؛ در جامع بغداد فریاد کشید ( مرا بکشید تا من آرام یابم و شما پاداش یابید).
در شورش بغداد به سال 296 هجری حلاج متهم شد و از بغداد به اهواز رفت و در آنجا سه سال در خفا میزیست. سرانجام او را یافتند و به بغدادش بردند و بزندان انداختند. مدت این زندان نه سال بطول انجامید و در آخر در جلسه محاکمه ای که با حضور (ابوعمرو حمادی) قاضی بزرگ آماده بود، ابو عمرو خون حلاج را حلال دانست و ابومحمد حامدبن عباس وزیر خلیفه المقتدر، به استناد گفتار ابوعمرو، حکم قتل او را از المقتدر گرفت و عاقبت به سال 309 هجری نزدیک نوروز، هفت روز مانده به آخر ماه ذی القعده، او را به فجیع ترین وضع شلاق زدند و مثله کردند و بدار کشیدند و سربریدند و سوختند و خاکسترش را به دجله ریختند.
نقل کرده اند که در آن سال آب دجله فراوان بالا آمد و بیم غرق شهر بغداد میرفت. پس حسین را ببردند تا بر دارد کنند. صدهزار آدمی گرد آمدند... درویشی در آن میان پرسید که عشق چیست؟ گفت: امروز، فردا و پس فردا بینی!
آن روز بکشتند و دیگر روز بسوختند و سوم روزش برباد دادند، یعنی عشق این است.
پس در راه که میرفت میخرامید، دست اندازان و عیار وار میرفت با سیزده بند گران. گفتند: این خرامیدن چیست؟ گفت: زیرا به قربانگاه میروم.
چون به زیر دارش بردند بوسهای بر دار زد و پا بر نردبان نهاد. گفتند: حال چیست؟ گفت: معراج مَردان سرِ دار است.
پس جماعت مریدان گفتند: چه گویی در ما که مریدانیم و اینها منکرند و ترا سنگ خواهند زد؟ گفت: ایشان را دو ثواب است و شما را یکی؛ از آن که شما را به من حُسن ظنی بیش نیست و ایشان از قوت توحید، به صلابت شریعت میجنبند و توحید در شرع اصل بُود و حُسن ظن فرع.
هر کس سنگی میانداخت؛ شبلی را گلی انداخت، حسین منصور آهی کرد. گفتند: از این همه سنگ هیچ آه نکردی؛ از گلی آه کردن چه معنی است؟ گفت: از آن که آنها نمیدانند، معذورند؛ از او سختیم میآید که او میداند که نمیباید انداخت.
پس دستش را جدا کردند خندهای بزد، گفتند: خنده چیست؟
گفت: دست از آدمی بسته باز کردن آسان است مرد آن است که دست صفات که کلاه همت از تارک عرش در میکشد، قطع کند.
پس پایش ببریدند تبسمی کرد، گفت: بدین پای سفر خاکی میکردم قدمی دیگر دارم که هم اکنون سفر هر دو عالم بکند اگر توانید آن قدم را ببرید.
پس او دست بریده خون آلود بر روی در مالید تا هر دو ساعد و روی خون آلود کرد، گفتند: چرا کردی؟ گفت: خون بسیار از من برفت و دانم که رویم زرد شده باشد شما پندارید که زرید من از ترس است. خون در روی مالیدم تا در چشم شما سرخ روی باشم که گلگونه (سرخاب) مردان، خون ایشان است.
گفتند: اگر روی به خون سرخ کرد، ساعد چرا آلودی؟ گفت: وضو سازم.
گفتند: چه وضو؟ گفت: در عشق دو رکعت است که وضوءِ آن درست نیابد الا به خون. پس چشمایش برکندند. قیامتی از خلق برآمد بعضی می گریستند و بعضی سنگ میانداختند، پس گوش و بینی بریدند و... پس زبانش ببریدند و نماز شام بود که سرش بریدند و در میان سربریدن تبسمی کرد و جان داد.
:::تذکره الاولیاء عطار:::
بایزید گفت: چون او را دار زدند. دنیا بر من تنگ آمد. برای دلداری خویش شب تا سحر زیر جنازهی بر دار آویختهاش نماز کردم. چون سحر شد و هنگام نماز صبح، هاتفی از آسمان ندا داد. که ای بایزید از خود چه میپرسی؟ پاسخ دادم: چرا با او چنین کردی؟ باز ندا آمد: او را سِرّی از اسرار خود بازگو کردیم. تاب نیاورد و فاش ساخت. پس سزای کسی که اسرار ما فاش سازد چنین باشد...