مرحوم محدّث قمى اعلى اللَّه مقامه الشريف در شرح حال صدرالمتألّهين شيرازى نوشتهاند: از بعضى از مشايخ خود شنيدم كه مرحوم ملاصدرا به واسطه بعضى از ابتلائات از اقامتگاه خود به دارالايمان قم كه عُشّ آن محمّد و حرم اهلبيت صلّىاللَّهعليهوآلهو سلّم است، مهاجرت كرد و به حكم اِذا عَمَّتِ الْبَلْدانَ الْفِتَنُ فَعَلَيْكُمْ بِقُمْ وَ حَواليها وَ نَواحيها فَاِنَّ الْبَلاءَ مَدْفُوعٌ عَنْها؛ (57) هنگامى كه فتنهها و ابتلائات شهرها را فراگرفت بر شما باد به قم و حوالى آن، زيرا فتنهها از آنجا رفع گرديده است. به قريهاى از قراى قم كه در چهارفرسخى آن شهر واقع و موسوم به "كهك" است، پناه برد و گاهگاهى كه بعضى مطالب علميّه بر او مشكل مىگرديد، از كهك به زيارت حضرت فاطمهمعصومه سلاماللَّهعليها تشرّف مىيافت و از آن حرم فيض آثار بر او افاضه مىشد.
سپس محدّث بزرگوار در تأييد اين جريان مىگويند:
فاضل اشكورى لاهيجى، در كتاب محبوب القلوب، در احوال خاتمالحكماءاليونانيّين، ارسطاطاليس فرموده است: چون ارسطو در بلده اسطاغيرا از دنيا رحلت كرد، اهل آنجا استخوانهاى او را پس از آنكه پوسيده شده بود در ظرفى از مسّ گزاردند و آن را در موضعى دفن كردند و آن مكان را مجمع خود قرار داده، از براى مشورت در كارهاى بزرگ و امور جليله در آنجا جمع مىشدند و هر وقت مطلبى از فنون علم و حكمت برايشان مشكل مىشد، قصد آنجا را نموده، برسر قبر او نشسته، مشغول به مناظره و مباحثه مىگرديدند، تا آنكه مشكل ايشان حلّ و مطلبشان واضح و روشن مىشد و چنان اعتقاد داشتند، كه آمدن بر سر قبر ارسطوطاليس بر عقل و ذكاء آنان مىافزايد و اذهانشان را پاك و تلطيف مىنمايد.
محدث بزرگ در اينجا اضافه مىكند: پس هرگاه حكماى يونان، اين نحو اعتقاد به استخوانهاى پوسيده ارسطاطاليس داشته باشند، عجبى نيست كه حكيم الهى و فيلسوف امامى، صدرالمتألّهين، هرگاه مسألهاى علمى بر او مشكل شود، از چهارفرسخى قم به قصد تشرّف به آستان ملكپاسبان حضرت سيّدتنا فاطمه سلاماللَّهعليها كه مهبط فيوضات ربانيه و تجليّات سبحانيّه است حركت كند، براى آنكه علوم بر او افاضه شده و مطالب عويصه برايش كشف و حلّ گردد. (58)