مهم ترین صحن و ایوان حرم ، صحن و ایوان بسیار وسیع آستانه است که در شمال حرم واقع ، و به دستور ناصرالدین شاه ساخته شده است. ایوان جنوبی حرم نیز در سال 944هـ . ق به فرمان شاه تهماسب صفوی ساخته و در دوره قاجار آینه کاری و تزئین شد.
صحن های دیگر حرم شامل صحن باغ طوطی یا مدرسه امین السلطان در شمال غربی حرم ، صحن ناصرالدین شاه یا صحن ولیعهدی که اکنون به صحن کاشانی معروف است در غرب حرم ، صحن باغ علی خان در شرق حرم و صحن جنوبی که به صحن امامزاده حمزه معروف است.
در غرب حرم ، مسجد و رواق بالاسر قرار دارد که از ساخته های دوران صفوی است. این مسجد دارای محراب بسیار زیبایی از کاشی های مُعـّرق رنگارنگ است.
گورستان حضرت عبدالعظیم حسنی با مقابر ، صحن ها و مجموعه های خصوصی اطراف حرم ، اعتبار ویژه ای دارد. احترام و تقدس ویژه ای که مردم برای حضرت قائل بوده اند، موجب خاکسپاری بسیاری از شخصیت های سیاسی ، اجتماعی ، فرهنگی در این گورستان شده است ؛ ناصرالدین شاه ، قاآنی شیرازی ، قائم مقام فراهانی ، بدیع الزمان فروزانفر ، آیت اله کاشانی ، علامه محمد قزوینی ، حسینعلی میرزا نصرت السلطنه ، ستارخان ، گروهی از دراویش نعمت الهی و فرزندان آیت اله بهبهانی در این گورستان آرمیده اند.