گرایش های سیاسی خلخالی
در ابتدای انقلاب مخالف سرسخت نیروهای ملی از جمله نهضت آزادی و مهدی بازرگان بود. او از یاران نزدیک امام خمینی بود و پس از فوت وی منزوی شد. او پس از انشعاب در جامعه روحانیت مبارز تهران و ایجاد مجمع روحانیون مبارز به عضویت این جریان چپ گرا در آمد.گرچه در دوران اصلاحات سابقه اش منجر به دوری گزیدن اکثر احزاب دوم خردادی از وی شد و تنها انگشت شماری از اعضای مجمع روحانیون حمایتهایی از وی صورت دادند. از سویی خود او نیز به بی بی سی گفت از آنجا که قصد تبری جستن از گذشته و اعدامهایش را ندارد، از حمایت از اصلاح طلبان صرف نظر میکند. او در انتخابات مجلس خبرگان در اعتراض به رد صلاحیتهای گسترده از شرکت در انتخابات انصراف داد.
او در ابتدای دهه شصت خواستار برخورد حذفی با مرجع تقلید منتقد سید محمدکاظم شریعتمداری بود و در ماجرای اتهام کودتای قطبزاده در زیر ورقه اعتراض نمایندگان مجلس نوشته بود :« اصل کار خود شریعتمداری است که باید اعدام شود». اما در اواخر عمر همگام با دیگر دوستان اصلاحطلبش با احترام از شریعتمداری در جلد دوم خاطراتش یاد کرد و اجازهنامههای خود از شریعتمداری را منتشر نمود. موضع وی نسبت به بازرگان نیز در طول زمان تغییر کرد و در سالهای آخر عمرش به ثناگویی از مهدی بازرگان پرداخت و در تشییع جنازه وی گریست.
دیدگاه های تاریخی
وی کتابی با جزوهای با عنوان «کوروش دروغین و جنایتکار» نگاشته و به مناسبت جشنهای ۲۵۰۰ ساله در ۵۷ صفحه منتشر ساخت. در این رساله که برخی آنرا فُحشنامه خواندهاند، کوروش را «سفاک و خونریز» نامید و به لواط و بیبندوباری متهم کرد و طرح عظمت او در ایران را سیاستی استعماری و توطئه یهود دانست و مفسرینی چون علامه طباطبایی که وی را مصداق ذوالقرنین دانسته بودند و درباره کوروش نوشته بود:
«به هر قومی که ظفر پیدا میکرد، از مجرمان ایشان میگذشت و عفو مینمود و بزرگان و کریمان هر قومی را اکرام و ضعفای ایشان را ترحم و مفسدان و خائنان را سیاست مینمود» را واعظان سلطنت و دربار نام نهاد. وی پیروزیهای کوروش را نتیجه بخت او دانسته و مطالبی که در ستایش وی در تورات آمدهاست را ساخته یهودیان آزاد شده از بابل دانست.
وی پس از انقلاب با وجود مخالفت دولت موقت بازرگان و بنی صدر برای تخریب مقبره رضا شاهشهر ری به همراه نیروهای سپاه وارد عمل شد و آنرا طی بیست روز تخریب کرد. وی همچنین برای تخریب پارسه (تخت جمشید) هم عازم شد اما این بار با مخالفت دولت موقت (از جمله استاندار فارس نصرتالله امینی) و محمود طالقانی و مقاومت مردم مرودشت و پرسنل پارسه، در این امر ناکام ماند.