این هیات که بعد به گروه یازده نفرى شهرت یافت (و امروزه با نام جامعه مدرسین شناخته مى شود) نخستین هسته مبارزه مخفى علیه رژیم پهلوى بود و در پوشش اهداف اصلاحى نظام آموزشى حوزه علمیه قم ، به فعالیتهاى سیاسى مى پرداخت . آیة الله قدوسى از بنیانگزاران این هیات بود. هیات مدرسین در سال 1345 به دست ساواک کشف و افراد آن تحت تعقیب ماموران پهلوى قرار گرفتند. آیة الله قدوسى در این ماجرا دستگیر شد. اما چون ساواک نتوانسته بود مدارکى علیه او پیدا کند، پس از چند ماه از زندان آزاد شد.
آیة الله قدوسى پس از آزادى ، در تابستان 1345 به زادگاه خود برگشت و به اقامه نماز جماعت در مسجد جامع نهاوند پرداخت . او پس از نماز منبر مى رفت و همیشه در ضمن سخنرانى از امام خمینى (ره ) یاد مى کرد. ساواک چند بار به وى تذکر داد که نباید اسمى از امام برده شود اما او نمى پذیرفت . بدین علت سخنرانى او تعطیل شد و آیة الله قدوسى به قم برگشت .
ایام پدیدارى مدرسه حقانى از فصول درخشان زندگى آیة الله قدوسى است . آیة الله قدوسى با همفکرى برخى از استادان برجسته انقلابى حوزه علمیه در پى تغییرات بنیادى در ساختار ادارى - آموزشى حوزه علمیه قم برمى آید. بدین خاطر تصمیم مى گیرند نقشه خود را ابتدا در مدرسه اى آغاز نمایند تا پس از موفقیت ، در سراسر حوزه هاى علمیه اجرا نمایند. آیة الله العظمى میلانى که با برنامه هاى اصلاحى آنان موافق بود مدرسه علمیه اى را در قم به آنها واگذار مى نماید.
مدرسه حقانى در سال 1343 با مدیریت آیة الله قدوسى و با همکارى شهید بهشتى ، آیة الله مصابح یزدى و آیة الله جنتى آغاز به کار مى نماید. آیة الله قدوسى با دعوت از اساتیدى با تجربه و انقلابى مانند آیة الله مشکینى ، آیة الله جنتى و سایرعلما بنیه علمى مدرسه را تقویت نمود. نظم در حوزه هاى علمیه در جایگاه خود قرار نداشت . مدرسه حقانى نخستین مدرسه علمیه قم بود که بسیار منظم بود. آیة الله قدوسى نظم شدیدى را در مدرسه به اجرا درآورد. و در مدت چهارده سال اداره مدرسه ، هماره به رعایت مقررات مقید بود.
حضور و غیاب در کلاس ، برگزارى امتحانات و پیگیرى مدام رشد علمى - اخلاقى طلاب از امتیازات این مدرسه بود.
اندک اندک آوازه مدرسه حقانى به همه جا پخش شد. بسیارى از جوانان به این مدرسه روى آوردند و تجمع انبوه استادان جوان و انقلابى در مدرسه ، ساواک را به هراس انداخت . مدرسه حقانى پایگاه مبارزان شناخته شده بود. ساواک بارها به مدرسه حمله کرد، اما به دلیل مدیریت کارآمد آیة الله قدوسى کارى از پیش نبرد.
در آن زمان آموزش زبان انگلیسى در حوزه هاى علمیه مطلوب نبود اما در مدرسه حقانى براى آشنایى طلاب با زبانهاى خارجى ، به این مهم اقدام ورزید. برخى از دروس دانشگاهى مانند جامعه شناسى ، روان شناسى و اقتصاد نیز در این مدرسه از سوى استادان دانشگاه تدریس مى شد.