منادی «ولایت فقیه»
در روزگار ریاست شهید ثالث در تهران، بر اثر بیكفایتی فتحعلی شاه قاجار، ولایات شمال ایران به اشغال ارتش روس در میآید. پس از این شكست خفت بار (1228 هـ . ق) است كه رقابت انگلستان و فرانسه در ایران شدت پیدا میكند؛ به نحوی كه انگلستان در همه امور داخلی كشور دخالت میكند.
مجتهد برغانی در چنین شرایطی، برای نخستین بار نظریه «ولایت فقیه» را مطرح و حكومت پادشاهی را نامشروع اعلام میكند.
فتوای او و قیام خاندان برغانی، با توجه به اوضاع نابسامان مملكت، جرقه امیدی برای یك تحول اساسی بود كه استمرار و تقویت علمی و عملی این اندیشه سیاسی، سلسله قاجار را با دشواری جدیدی مواجه میكرد؛ لذا علمای طراز اول تهران از سوی شاه به كاخ گلستان دعوت میشوند.
سرانجام، جلسه و مذاكرات فقهی در حضور شاه شروع میشود و مجتهد آگاه و شجاع برغانی نظریه «رهبری فقیهان در عصر غیبت كبری» را عنوان میكند و برای نجات ملت و كشور و رفع نابسامانیها، خواستار سلب اختیار از شاه و شاهزادگان میشود.
شیخ محمد صالح نیز در تأیید آرای فقهی برادرش، ادله خود را بیان میكند و میگوید: «جنگ، ترك مخاصمه و قرارداد صلح، مذاكره با دولتهای خارجی و.. باید به اذن فقیه جامع الشرایط باشد.»
گروهی از دانشمندان حاضر در جلسه، سخنان شهید ثالث و برادرش را تأیید و تصدیق میكنند؛ ولی شیخ ملا محمد علی مازندرانی معروف به «جنگلی» ـ كه از مقربان دربار شاه بود ـ به دفاع از مقام سلطنت و نقش رهبری فتحعلی شاه، برمیخیزد.
فتحعلی شاه كه از فتوا و حكم شهید ثالث هراسناك شده بود، برای ایمن شدن از این مسئله، بهترین راه ممكن را در این دید كه او و برادرانش را به عراق تبعید كند.[29]
شهید ثالث در كتابهای زكات، قضا و دیگر كتابهای فقهی خود، نظریه ولایت فقیه را مطرح كرده است. او در كتاب «جهاد» مینویسد:
«در صورتی كه طائفهای از مسلمانان با فرقهای از دشمن قوی، برخورد كردند و یا این كه طائفهای از اهل حق و مسلمانان، مورد حمله و طغیان گروهی از اهل باطل قرار گرفتند و قادر نبودند كه دشمن را دفع كنند مگر با تهیه سرباز و سپاه، در چنین شرایطی ... اگر امام (ع) حاضر باشد، ولی دسترسی به وی برای كسب اجازه مقدور نباشد، در این صورت، دستور جهاد و اعلان جنگ و تهیه سپاه بر مجتهد واجب میگردد بر اساس نیابت عامه ...»[30].
وی در سال 1253 هـ . ق. در عصر سلطنت محمد شاه قاجار، در پایان كتاب «ارث» صریحاً حكومت عصر خویش را غیرشرعی و از دولتهای «ظلمه» دانسته است كه زمام امور و حكومت را غاصبانه به خود اختصاص داده است.[31]