آثار نزدیك به 40 اثر از آن مرحوم منتشر شده است. برخی از این آثار كه بیشتر با مفسران و مبلغان مرتبط است، از این قرار است:
1. «التحقیق فی كلمات القرآن الكریم»، در 14 جلد به عربی كه در سال 1362 ش به عنوان كتاب برگزیدة سال، از طرف وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی معرفی شد؛
2. «تفسیر روشن» در 16 جلد به فارسی كه در سال 1381 ق مورد تشویق قرار گرفت؛
3. «اشعه نور، در تفسیر آیة نور»، مجموعه ای از نظرات آیت الله حاج شیخ ملا هادی تهرانی و علامه مصطفوی؛
4. «روش علمی در ترجمه و تفسیر قرآن مجید»؛
5. «تفسیر سوره حشر»؛
6. «راهنمای گمشدگان»؛
7. «سرگذشت و قصه های عارف كامل و دانشمند بهلول عاقل»؛
8. «مجموعه قصه های شیرین»؛
9. «محاكمه و بررسی باب و بهاء»، در 3 جلد به فارسی در نقد بابیت و بهائیت؛
10. «الحقائق فی تاریخ الاسلام والفتن والاحداث»، یك دوره تاریخ مستند از عصر پیامبر ـ صلی الله علیه وآله وسلم ـ تا عصر غیبت، برگرفته از منابع سنی در پنج قرن اول اسلام؛
11. «الامام المجتبی علیه السلام»، برگرفته از منابع اهل سنت؛
12. «مناظره و بحث آزاد»، مباحثاتی با سنی، صوفی، مسیحی، مادی و بهایی؛
13. مقالاتی درباره خاتمیت و بشارات حضرت مسیح علیه السلام؛
14. «رساله سیر و سلوك»؛
15. «رساله معرفت الله»، ترجمه و شرح خطبه ای از امام هشتم علیه السلام؛
16. «احادیث صعب و مشكل امام هشتم علیه السلام؛
17. و ... .
از دوران جوانی به تقوا و سیر و سلوك، اهتمامی وافر داشت و با جمعی از اهل معرفت به حشر و نشر می پرداخت. گروهی ـ حدود 15 نفر از جمله شهید محراب آیت الله مدنی ـ در فیضیه محفل انسی داشتند و از عالم عارف ملا آقا جان زنجانی و... استفاده می كردند. وی سه ماه در قم در حجرة مرحوم مصطفوی اقامت داشت
نكاتی از سبك «تفسیر روشن» در آغاز، لغات و ترجمه و توضیح مختصر آیه آمده و سپس یك تفسیر روشن و قاطع از آیه به زبان ساده ذكر شده است، نه چند قول موجود و محتمل در آیه. آن گاه به نقل و توضیح حدیث معتبر و مرتبط ـ اگر در ذیل آیه باشد ـ و بیان تركیب و اعراب و لطایف، می پردازد.
این تفسیر شامل مقدمات دوازه گانه ای است كه برخی از آراء برجسته و نظرهای نویسنده، در آن مطرح گشته است. بعضی از آراء ایشان را به صورت خلاصه نقل می كنیم:
1. تفسیر
تفسیر یعنی شرح و بسط و توضیح، و این متوقف است بر فهم مراد و منظور گوینده تا بتواند آن طور كه واقعیت دارد، منظور او را توضیح بدهد. و فهم صحیح و درست مطالب قرآن كریم بر دو شرط متوقف است:
شرط اول: آشنایی كامل مفسر به كلمات و جملات و ظواهر تعبیرات آن از لحاظ ادبی؛ به طوری كه خود، صاحب رأی و اجتهاد و یقین باشد، نه آنكه در مقام فهمیدن مطالب، از اقوال دیگران تقلید كند و باید معانی حقیقیه را با تحقیق به دست آورد تا معانی قطعی را دریابد و كلام پروردگار متعال را به مفاهیم مجازی حمل نكند.
مجازگویی در قرآن مجید، موجب اضلال افكار و سرگردانی مردم است و نیز كتاب الهی را از قاطعیت ساقط می كند و به منحرفان فرصت می دهد كه مطابق رأی باطل و نظر فاسد خود، از آیات قرآن مجید استفاده كنند.
ضمناً تمام معارف الهی و حقایق، با حمل الفاظ به معانی مجازیه از میان برداشته شده و قسمت مهم كلمات خداوند متعال، نامفهوم و خارج از استفادة مردم خواهد بود.
شرط دوم: مفسر باید قلب پاك و باطن نورانی داشته باشد و با نور الهی محیط، حقایق كلمات پروردگار متعال را ادراك كند و از معارف لاهوتی و عوالم غیبی آگاه باشد. قرآن می فرماید: هالم، ذلِكَ الْكِتابُ لارَیبَ فیهِ هُدًی لِلْمُتَّقینَه 5؛ در این كتاب هیچ موضوع مشكوكی نیست و همة مطالب آن یقینی و حق است و با داشتن حقیقت تقوا و برخورداری از افكار و اخلاق و اعمال صالح، می شود مشمول هدایت قرآن شد.
2. ترجمه
ترجمه یعنی درآوردن لغتی به لغت دیگر (واژه ترجمه از آرامی و سریانی به عربی آمده است) و ترجمه قرآن به زبان دیگر مشكل تر از تفسیر آن است؛ زیرا لازم است كه در مقام ترجمه، تمام مقصود و منظور متكلم تفهیم شود و كوچك ترین تحریفی در بیان مراد او پیش نیاید و این (علاوه بر دارا بودن شرائط تفسیر)، محتاج است به تسلط كامل به جهت بیان و قلم تا بتواند مفهوم كامل آیة كریمه را به واژة كوتاه و مختصر و در عین حال، مفید و روشن و تمام تحویل بدهد... .
ترجمة كتاب خداوند متعال، بهترین خدمت به افراد بشر است، به شرط اینكه هیئتی از متخصصان در تفسیر، جمع شده و به جای ترجمه، تفسیر كوتاه و مختصری بنویسند و دست كم، مقاصد آن را به زبان گویا و كوتاه و جامع به قلم بیاورند.
3. نقل اقوال
از مطالب گذشته روشن شد كه تفسیر، در صورتی كه دارای شرایط گذشته باشد و با قاطعیت نورانیت باطنی و روحانیت تمام و آگاهی علمی و ادبی همراه شود، قهراً به واقعیت و حق نزدیك خواهد بود، احتمالات و اختلافات برطرف خواهد شد و مفهوم واحدی باقی خواهد ماند.
نقل اقوال و آراء بسیاری از مفسّران ـ كه بی تحقیق و اجتهاد فهم حقایق نورانی كتاب الهی قلم زده اند ـ به جز تكثیر شبهه و ایجاد حیرت و ضلالت، هرگز فایده ای نخواهد داشت.
ما نیز در این كتاب ـ در حدّ امكان ـ سعی كردیم كه اختلافی ایجاد نكنیم و خوانندگان گرامی را به معانی حقیقی نزدیك و در هر بخش، آنچه را كه حقّ می بینیم، بیان كنیم.
4. تأویل
تأویل یعنی برگردانیدن و ارجاع دادن كلمات و مفاهیم آنها به مقاصدی كه از جانب گوینده اراده شده است و ذكر این كلمه دلالت دارد بر اینكه «تشابه» در جهت مراد و مقصود است، نه معانی؛ زیرا كلمات، همیشه مفهوم و معلوم است و اطلاق تأویل بر آنها صحیح نیست.
پس تشابه، دارای معنای ابهام، مخفی بودن، پوشیده شدن و مجهول گشتن نباشد.
آری، لازمه و نتیجة متشابه بودن این است كه مراد و مقصود وی برای افرادی كه ضعیف و محجوب هستند، پوشیده بماند و نتوانند منظور و مراد را دریابند. 6
استاد مصطفوی از افراد مجهول القدر و از افرادی است كه قریب چهل سال هست او را می شناسم. تا كنون از او هیچ كار ناپسند و مكروهی ندیده ام، چه رسد به گناه، همچنین جداً جز اخلاق زیبا و تلاش به جا از او مشاهده نكرده ام. فاضل كامل، عالم عامل، در استخاره با قرآن مجید دارای ید طولا و در استنباط و استخراج خیر و شرّ مراد از كتاب خدا، مهارت كامل و بسیار مجرّب و مبتلا به همة طبقات است
تذكراتی درباره كتاب «التحقیق فی كلمات القرآن الكریم» هدف از تألیف این كتاب چنین تشریح شده است:
از آنجا كه استفاده از حقایق و معارف و احكام و آداب قرآن مجید، متوقف است بر درک دقیق و تحقیقی واژه ها، لازم است برای درک حقیقت و معنای واقعی كلمه ها و تشخیص معانی حقیقی از مجازی، تلاش شود.
از طرفی، آثاری كه در لغت عرب تألیف شده، گوناگون است و بیشترشان صرفاً جمع آوری اقوال و اشاره به مطلق موارد استعمال است؛ اعم از حقیقی و مجازی. و خالی از تحقیق است كه درنتیجه معنی حقیقی را روشن نمی كند و جز افزایش گمراهی و یا سرگردانی در واژه های قرآن، نتیجه ای ندارد.