سرانجام در آبان ماه سال 1328 هجری شمسی، شهید امامی موفق شد با شلیک چند گلوله، او را از پا در آورد.
ماجرا از این قرار بود که در روز سوم محرم برابر با 13 آبان 1328 مراسمي عزاداري از سوي دربار در مسجد سپهسالار برگزار شد. هژير در راهروي مسجد ايستاده بود و به هر مداحي كه ميآمد يك خلعت ميداد.
امامي به محض آنكه وارد شد، گردن هژير را گرفت و يك تير به او شليك كرد.
مردم از صداي تير وحشت کردند اما گفته شد كه لامپ تركيده است. مردم آرام شدند و دوباره به جاي خود نشستند.
امامي به تصور اينكه كار هژير تمام نشده، يقه او را گرفت و دو تير ديگر به او زد و همانجا كار تمام شد و نعش هژير بر زمین افتاد و سپس او را از در پشت مسجد بيرون بردند.
دوستان امامي قصد خارج كردن او از صحنه را داشتند اما یکی از ماموران، امامي را گرفت و تلاش دوستان امامي براي رهانيدن او از مهلكه بينتيجه ماند.
بعد از دستگيري امامي، وي بلافاصله به اين اقدام اعتراف كرد و گفت چون زنده ماندن هژير را به زيان مملكت ميدانسته، اقدام به ترور او كرده است.
دادگاه نظامى، روز 14 آبان، امامى را به اعدام محكوم كرد و او حتى تجديدنظر هم نخواست و در پايين پرونده خود نوشت:
«من آماده كشته شدن بوده و در انتظار شهادتم.»
شهید سید حسین امامی