آیت‌الله سید علی خامنه‌ای، رهبر معظم انقلاب اسلامی بیانیه‌ای صادر کرد که در آن آمده‌است: «دست جنایتکاری که این ضایعه را آفرید، انگیزه دشمنان جمهوری اسلامی را که ضربه زدن به حرکت و جهاد علمی کشور است افشاء و برملا کرد.»[۲]
آیت‌الله هاشمی رفسنجانی، رئیس مجلس خبرگان رهبری و مجمع تشخیص مصلحت نظام در پی این ترور، پیام تسلیتی صادر کرد. در بخشی از این پیام «ترور ناجوان‌مردانه» این دانشمند، نشان از «آغاز خط تازه توطئه» دانسته شد.
سید محمد خاتمی رئیس‌جمهور پیشین ایران نیز با صدور پیامی «شهادت جانگداز عالم وارسته و اندیشمند متعهد و متبحر و خدمتگزار ارزنده عرصه علم و ایمان و فرزند فرزانه ملت بزرگوار» را جلوهٔ دوبارهٔ «چهرهٔ کریه تروریسم» عنوان کرد و گفت: «دست پلیدی که به این جنایت اقدام کرد، بدون تردید دشمن ایران و ملت و خواستار ایجاد و بسط بحرانی است که برای همه زیان‌بار است.»
۱۱۰ نفر از اساتید دانشگاهی جهان، با ارسال نامه‌ای به سازمان‌های مدافع حقوق بشر، خواستار پیگیری مستقل این سازمانها در ارتباط با ترور علی محمدی شدند و به خشونت در فضای دانشگاه علیه دانشجویان و استادان ایرانی اعتراض کردند.
محسن رضایی، دبیر مجمع تشخیص مصلحت نظام ضمن بیانیه‌ای با اعلام آشنایی ۲۰ ساله خود با دکتر علیمحمدی، اعلام داشت:«آسمان دانش و تعهد، سوگوار فقدان مهر فروزانی است که در عرصه جهاد علمی خوش درخشید و در پرتو انوار تابناکش روح زلال دانش پژوهان فراوانی بهره بردند و مسیر کمال و سعادت را یافتند.» وی ادامه داده‌است:«شهید والامقام استاد دکتر مسعود علی محمدی نمونه بارز یک دانشمند برجسته، مومن، مخلص و پرتلاش بود.اینجانب بیش از ۲۰ سال است که او را می‌شناختم و شاهد خدمات بنیادی او بودم، او مجاهدی با تقوا، انسانی آزاده و مستقل بود و در راه خدمت به کشور حقا سر از پای نمی‌شناخت
محمود احمدی‌نژاد در طی مراسم افتتاحیه دومین جشنواره ملی نوآوری و شکوفایی، ضمن ملاقات با همسر و فرزندان علیمحمدی، لوح یادبودی را به پاس قدردانی از زحمات مسعود علیمحمدی به آنان اهدا کرد
جامعه فیزیک آمریکا (asp) در پیامی، درگذشت دکتر علیمحمدی را تسلیت گفت
▐*♪♦♪*▌ یادی از شهدای هسته ای ، به بهانه روز ملی فناوری هسته ای ▐*♪♦♪*▌
نقل قول
