از قزوین به املش بازگشت و چهار سال مرجع امور دینی مردم بود. برپایی نماز جماعت ، هدایت و ارشاد مردم ، پاسخگویی به پرسشهای اعتقادی و قضاوت عادلانه او موجب شده بود مردم ارادتی عاشقانه به مجتهد جوان داشته باشند اما او دوست داشت سفری به دیار اهل بیت علیهم السلام نماید و از اساتید آن سامان بهره جوید. آری او تصمیم گرفت به نجف اشرف رفته و از حوزه ی علمیه ی آن شهر مقدس جرعه جرعه شراب معرفت نوشد. مردم که از حضورش غرق محبت بودند، او را با عواطفی وصف ناپذیر بدرقه نمودند و او، همسر و فرزندش محمد را به خدای بی همتا سپردند. شهر آسمانی شیخ حبیب الله مجتهد املشی در سال 1263 ق . وارد نجف شد و در حلقه ی شاگردان فقیه کبیر شیخ محمد حسن نجفی (صاحب جواهر) به کامجویی نشست . او تا سال 1266 ق . که سال وفات صاحب جواهر بود از کلاسش بهره برد و از آن فقیه نامور اجازه ی اجتهاد دریافت داشت . پس از آن به درس شیخ اعظم انصاری دل بست و تا پایان زندگی پر افتخار شیخ اعظم از شاگردان ممتاز درس وی بود. شیخ حبیب الله فرموده بود: ((با آنکه هفت سال پیش از فوت شیخ از درس او مستغنی بودم ولی از هنگام ورود در جلسه ی شیخ تا موقع تشییع جنازه اش بحثی از ابحاث او از من فوت نشد.)) اسرار عشق ویژگیهای اخلاقی میرزا حبیب الله رشتی او را به شخصیتی وارسته تبدیل کرد که زهدش زبانزد خاص و عام بود. در این مختصر تنها به اشاره ای اکتفا کرده تا دوستداران بخوانند و بدانند شخصیتهای روحانی تاریخ شیعه چگونه زیستند.