امام به اسلام فقاهتی و اجتهادی تاکید خاصی دارد که بیانگر این است که آن را از ویژگیهای اسلام ناب می شمارد: «لازم است علما و مدرسین محترم نگذارند در درسهایی که مربوط به فقاهت و حوزه های فقهی و اصولی از طریقۀ مشایخ معظم که تنها راه برای حفظ فقه اسلامی است منحرف شوند و کوشش نمایند که هر روز بر دقتها و بحث و نظرها و ابتکار و تحقیق ها افزوده شود و فقه سنتی که ارث سلف صالح است و انحراف از آن سست شدن ارکان تحقیق و تدفین است محفوظ بماند.[14]»


امام در فرازهای بسیاری از آثار خویش به آسیب گاه های تفکر دینی و ویژگی های اسلام وارونه اشاره کرده است. او در نامه به گورباچف به اسلام وارونه تصریح می کند: «راستی مذهبی که ایران را در مقابل ابرقدرتها چون کوه استوار کرده است مخدر جامعه است؟ آیا مذهبی که طالب اجرای عدالت در جهان و خواهان آزادی انسان از قیود مادی و معنوی است مخدّر جامعه است؟ آری مذهبی که وسیله شود تا سرمایه های مادی و معنوی کشورهای اسلامی و غیراسلامی در اختیار ابرقدرتها قرار گیرد و بر سر مردم فریاد کشد که دین از سیاست جداست مخدر جامعه است ولی این دیگر مذهب واقعی نیست بلکه مذهبی است که مردم ما آن را مذهب آمریکایی می نامند.» [15]