امام باقر علیه السلام می فرماید:
لاتسبوا المختار فانه قتل قتلتنا و طلب ثارنا و زوج اراملنا و قسم فینا المال علی العسره(74)
به مختار ناسزا نگویید چون او قاتلان ما را کشت و به خونخواهی ما بر خاست و بیوه زنان ما را شوهر داد و در شرایط سخت و تنگدستی به ما کمک مالی کرد.
گروهی از سران کوفه به مدینه آمدند و با وساطت محمد بن حنفیه به حضور امام سجاد علیه السلام رسیدند. آن گروه از قیام مختار پرسیدند آن حضرت خطاب به محمد بن حنفیه فرمود:
یا عم لو ان عبداً زنجیا تعصب لنا اهل البیت لوجب علی الناس موازرته قدولیتک هذا الامر فاصنع ما شئت.(75)
ای عمو! اگر برده ای سیاه پوست تعصب ما اهل بیت را داشت بر مردم واجب می شد که از او حمایت کنند. من مسؤولیت این کار را به تو دادم. به هر گونه که صلاح می دانی عمل کن.
مامقانی، پس از نقد و بررسی روایات رسیده درباره مختار می نویسد:
فتلخص من جمیع ما ذکرنا، ان الرجل امامی المذهب فان سلطنته بر خصة من الامام علیه السلام... و لو لا الا ترحم مولینا الباقر علیه السلام ثلاث مرات فی کلام واحد لکفی فی ادراجه فی الحسان.(76)
خلاصه آنچه آوردیم این است که: مرد مختار معتقد به امامت ائمه علیه السلام بوده حکومت او نیز با اجازه امام علیه السلام بوده است اگر هیچ مدحی جز طلب رحمت امام باقر علیه السلام آن هم سه بار در یک سخن برای نبود همین وی را بس بود که در صف نیکان قرار گیرد.
آقای خویی نیز، پس از آن که اخبار رسیده درباره مختار را به دو دسته تقسیم می کند، روایات مدح را قوی تر می داند(77)
بسیاری از مورخان و محدثان نیز، او را ستوده اند(78)