باری مدت توقف ایشان در شهر مقدس مشهد از یکسال کمتر به طول می انجامد که تمام این مدت را در حجره ای از حجرات صحن عتیق رضوی که ظاهراً اطاق فوقانی درب بازار سنگ تراشان بوده است به ریاضت و تصفیه باطن اشتغال داشته اند. سپس به اصفهان مراجعت می کنند و به سال 1304 هجری قمری، بار سفر به صوب نجف اشرف می بندند و مدتی نیز در آنجا به تحصیل علوم ظاهری و تزکیه نفس و ریاضت سرگرم بودند تا آنکه مجدداً به اصفهان بازمی گردند.
در سال 1311 هجری قمری برای دومین بار، به ارض اقدس رضوی مسافرت و تا سال 1314 در آن شهر توقف می کنند. در این مدت در مدرسه حاج حسن و فاضل خان سکنی داشته اند. در همین سفر، در مدتی بیش از یکسال، هر شب ختمی از آن قرآن مجید در حرم حضرت رضا علیه السلام قرائت می کرده اند و روزها را در محضر علماء زمان به کسب علوم ظاهر همت می نموده اند.