در ناحیه نجف اشرف، مسجد کوفه، و سهله و مقبره کمیل و میثم تمار، محلهایی بود که بسیار زیارت می فرمودند. در مشهد مقدس، اوائل امر در صحن عتیق و پس از آن، در کوهپایه های اطراف شهر مانند کوه گراخک و بازه غیاث منصور در جا غرق و خادر و حصار سرخ و کوه معجونی نزد مقبره شرف الدین علی کاسه گر، به مجاهده و ریاضت و عبادت می گذرانیدند. قبور اولیاء خدا را مانند مقبره بوعلی فارمدی، در فارمد، و علاءالدین علی مایانی در مایان و مقبره درویش یحیی و درویش شمس الدین دو فرزند شیخ جعده جاسبی که در ایوان طرق واقع است و قبر عبدالله مبارک در کوه چشمه سبز که پدرم، خود کاشف آن بودند، و مقبره میر تقی خدایی در محله نوغان که هم اکنون در داخل منزلی جنب یک دبستان واقع شده است و مزار شیخ محمد کاردهی، مشهور به پیر پالاندوز، و قبر شیخ فضل الله سرابی که به دست افغانیها شهید گردیده و آثار آن، فی الحال، محو شده است و مرقد حضرت شیخ محمد مؤمن، قدس سره، معروف به گنبد سبز که مورد توجه فراوان پدرم، بود، زیارت و از ارواح ایشان استمداد می کردند. عصر هر پنجشنبه، زیارت گنبد سبز را ترک نمی کردند و می فرمودند: در کتابی خطی که مؤلف آن سید بزرگواری از اهل قزوین و نواده دختری مرحوم شیخ بهاءالدین عاملی، رحمةالله علیه بوده و در شرح حال جد خود نگاشته است، خواندم که: چون شیخ بهائی به مشهد مشرف می شود، پس از سه شب، پیامبر اکرم صلی الله علیه و آله را در عالم رؤیا زیارت می کند که با عتاب به وی می فرمایند: چرا تا کنون به دیدار گل ما شیخ مؤمن نرفته ای؟ بامداد همان شب، شیخ بهائی برای زیارت شیخ مؤمن، از خانه بیرون می رود و در راه دو تن از اهل علم را می بیند و خواب خود را برای ایشان نقل می کند آن دو نفر نیز به عزم زیارت شیخ مؤمن همره می گردند و برای آزمایش عظمت شیخ، هر یک نیتی می کنند. یکی از آنان، کفن و دیگری، انار و سومی، شیر برنج را در خاطر می گذراند.