ساعتی که بابک را در زنجیرهای گران از میان دوصفِ مردم میگذراندند، شیون زنان وکودکان بلند شد که برای رهبر محبوبشان میگریستند و برسر وسینه میزدند. افشین باصدای بلند خطاب به زنهای شیونکننده گفت: مگر شما نبودید که میگفتید بابک را دوست ندارید؟ زنان با شیون جواب دادند: او امید ما بود و هرچه میکرد برای مامیکرد
برادر بابک نیز مثل بابک نزد یکی از کشیشان پنهان شده بود. وی را نیز آن کشیش به مأموران افشین تحویل داد.
موضوع بابک چنان برای خلیفه با اهمیت بود که وقتی خبر دستگیریش را شنید جایزهی بزرگی برای افشین فرستاد وبه او نوشت که هرچه زودتر وی را به پایتخت ببرد. فرستادگان خلیفه همهروزه به آذربایجان اعزام میشدند تا با افشین درتماس دائم باشد و او بداند که چه وقت و چه ساعتی افشین و بابک به پایتخت خواهند رسید؛ و برفراز تمام بلندیهای سرراه و درکنارجاده دیدبان گماشت تا هرگاه افشین را ببینند به یکدیگر جار بزنند و همچنان اینجارها تکرار شود تا به خلیفه برسد. او همهروزه هیئتی را همراه با هدایا و اسب وخلعت به نزدِ افشین میفرستاد تا قدردانی از خدمت افشین را به بهترین وجهی نشان داده باشد. افشین در دیماه ٢١۶خ با شوکت و شکوه بسیار زیادی وارد پایتخت خلیفه گردیده به کاخی رفت که به خودش تعلق داشت و بابک را نیز درآن کاخ زندانی کرد. چون هوا تاریک شد و مردم به خواب رفتند، خلیفه به یکی از محرمانش مأموریت داد تا بطور ناشناس به نزد بابک برود و اورا ببیند و بیاید اوصافش را به او بگوید. آن مرد چنان کرد، وافشین ویرا بعنوان مأمور حامل آب به اطاقی برد که بابک درآن زندانی بود. خلیفه وقتی اوصاف بابک را ازاین محرم شنید، برای اینکه بابک را ببیند و بداند این مرد چه عظمتی است که ٢٢ سال مبارزاتِ مداوم و خستگیناپذیرش پایههای دولتِ اسلامی را به لرزه افکنده است، نیمشبان برخاسته رخت ساده برتن کرد و وارد خانهی افشین شده بطورناشناس وارد اطاق بابک شد و بدون آنکه حرفی بزند یا خودش را معرفی کند، دقایقی دربرابر بابک برزمین نشست و چراغ دربرابر چهرهاش گرفته به او نگریست.
بامداد روز دیگرخلیفه با بزرگان دربارش مشورت کرد که چگونه بابک را درشهر بگرداند و به مردم نشان بدهد تا همه بتوانند وی را ببینند. بنا بر نظر یکی از درباریان قرار برآن شد که ویراسوار بر پیلی کرده در شهر بگردانند. پیل را با حنا رنگ کردند و نقش و نگار برآنزدند؛ و بابک را در رختی زنانه و بسیار زننده و تحقیرکننده برآن نشاندند و درشهر بهگردش درآوردند. پس ازآن مراسم اعدام بابک با سروصدای بسیار زیاد با حضور شخص خلیفه برفراز سکوی مخصوصی که برای این کار دربیرون شهر تهیه شده بود، برگزار شد. برای آنکه همهی مردم بشنوند که اکنون دژخیم به بابک نزدیک میشود و دقایقی دیگر بابک اعدام خواهد شد، چندین جارچی در اطراف و اکناف با صدای بلند بانگ میزدند نَوَدنَوَد این اسمِ دژخیم بود و همه اورا میشناختند
ابن الجوزی مینویسدکه وقتی بابک را برای اعدام بردند خلیفه درکنارش نشست و به او گفت: تو که اینهمه استواری نشان میدادی اکنون خواهیم دید که طاقتت دربرابر مرگ چند است! بابک گفت: خواهید دید. چون یک دست بابک را به شمشیر زدند، بابک با خونی که از بازویش فوران میکرد صورتش را رنگین کرد. خلیفه ازاوپرسید: چرا چنین کردی؟ بابک گفت: وقتی دستهایم را قطع کنند خونهای بدنم خارج میشود و چهرهام زرد میشود، و تو خواهی پنداشت که رنگ رویم از ترسِ مرگ زرد شده است. چهرهام را خونین کردم تا زردیش دیده نشود
به این ترتیب دستها وپاهای بابک را بریدند . چون بابک برزمین درغلتید، خلیفه دستور داد شکمش را بدرند. پس از ساعاتی که این حالت بربابک گذشت، دستور داد سرش را از تن جدا کند. پس ازآنچوبهی داری در میدان شهر سامرا افراشتند و لاشهی بابک را بردار زدند، و سرش را خلیفه به خراسان فرستاد.
زنده و جاوید باد نام سردار غیور ایران زمین بابک خرّم دین و بر روح پرفتوحش دوصد بدرود