سید در دوره حکومت ÷ادشاهی از هیچ تلاشی برای اصلاح و مبارزه، کوتاهی ننمود و توانست زمینه های فکری انقلاب سال 1952 را فراهم سازد، و با دست اندکاران آن همکاری نزدیک و مستمری داشته باشد. ولی هنگامی که اهداف آنان را با اهداف اسلامی خود متعارض یافت، از آن ها و پست های پیشنهادیشان کناره گرفت، و از اولین قربانیان هجوم مردان انقلاب بر گروه اسلامی اخوان بود بطوری که به ÷انزده سال زندان محکوم شد و به دلیل ابتلا به بیماری های گوناگون ریوی، سینه و مهده، بیشتر دوران زندان را در بیمارستان زندان (لیمان طره) گذراند و در سال 1964 به دنبال وساطت عبدالسلام عارف رئیس جمهوروقت عراق و با عفو ÷زشکی از زندان مرخص شد، اما چند ماه بعد در تابستان 1965 به همراه دهها تن از اعضای اخوان به اتهام توطئه برای براندازی حکومت دوباره روانه زندان شد. وی در شرایط سخت زندان و دوره کوتاه آزادی، توانست با اجازه مرشد عام اخوان، سرپرستی تشکیلات جدید اخوان المسلمین را برعهده بگیرد.
وی در بار دوم زندان به دنبال شکنجه های طاقت فرسا، در دادگاه نظامی به سر÷رستی (فواد دجوی)به اعدام محکوم شد، و این حکم باعث اندوه و تأف فراوانی در جهان اسلام شد و موجی از اعتراض و ابراز انزجار و در خواست لغو آن را در سراسر جهان برانگیخت شخصیت های مهمی در جهان اسلام خواستار شدند که این حکم به اجرا گذاشته نشود. اما علی رغم همه این تلاش ها، در نیمه های شب دوشنبه بیست و نهم آگوست 1966 سید قطب به همراه دو تن از همفکرانش: محمد هواش و عبدالفتاح اسماعیل بر سر دار رفتند.
سرانجام سیذ بعد از 59 سال و 10 و 20 روز،گذراندن حیات با شهادت خویش در کالبد افکار و آثارش روح جاودانگی دمید. و بیست و نه اثر زنده در زمینه ادبیات و نقد و فکر اسلامی از خود برجای گذاشت که در رأس آن ها (فی ظلال القران) قرار دارد، و او را به عنوان مفسری مجدد و متفکری پیشرو به جهانیان معرفی می کند.